Pendant la grossesse, les testicules du foetus se forment près de ses reins. Peu avant la naissance, chaque testicule descend dans la bourse correspondante où la température, inférieure à celle du corps, est plus propice à son fonctionnement. Il arrive qu'un testicule reste dans l'abdomen ou au niveau de l'aine. Ce problème touche environ 1 à 3 % des garçons nés à terme et 10 % des prématurés. Il peut concerner un seul testicule (80 % des cas) ou les deux (20 % des cas).

Si cette anomalie persiste après la naissance, un traitement est nécessaire. En effet, un testicule non descendu ne peut pas se développer normalement ni produire de spermatozoïdes, ce qui provoque une stérilité si les deux testicules sont restés dans l'abdomen. À l'âge adulte, il peut également s'y développer une tumeur cancéreuse.

Dans la majorité des cas, un traitement chirurgical est nécessaire vers l'âge de deux à trois ans. Le chirurgien déplace alors le ou les testicules dans les bourses. Dans certains cas, avant d'opérer, le médecin peut demander une échographie pour préciser la localisation exacte du testicule dans l'abdomen et détecter d'éventuelles malformations associées.

Il ne faut pas confondre le testicule non descendu avec le phénomène du testicule rétractile. Dans ce dernier cas, le testicule est bien descendu mais, soumis au froid, à l'émotion ou à l'examen médical, il remonte dans l'aine et la bourse correspondante semble vide.

Un bain chaud permet souvent au bébé de se détendre, et fait descendre le testicule. Un examen échographique est parfois nécessaire pour distinguer un testicule rétractile d'un testicule non descendu.

Le prépuce est le repli de peau qui recouvre le gland. À la naissance, il est souvent collé à celui-ci. Ces adhérences sont banales et disparaissent grâce à un décollage progressif lors du bain. Il s'agit d'un processus naturel : quel que soit son âge, n'essayez jamais de décalotter vous-même l'enfant.

Si les adhérences persistent jusqu'à l'âge de trois à quatre ans, à l'acquisition de la propreté, elles sont libérées par un chirurgien sous anesthésie générale. Le prépuce ne peut généralement pas être complètement rétracté avant l'âge de deux ans, voire l'âge de quatre ans.

Si le prépuce est trop serré pour être rétracté complètement, on parle de phimosis. Cette petite malformation est généralement présente dès la naissance. Si le prépuce peut être décalotté mais reste coincé en arrière du gland, on parle de paraphimosis. Le gland se retrouve alors étranglé, ce qui peut provoquer un oedème douloureux.

À l'âge adulte, phimosis et paraphimosis peuvent devenir gênants lors des érections et des rapports sexuels ou, pour le phimosis, devenir un facteur de risque d'infection locale.

Si le phimosis persiste à l'acquisition de la propreté, vers trois à quatre ans, une intervention chirurgicale est nécessaire pour ôter le prépuce : c'est la circoncision. Sous anesthésie générale, le chirurgien peut, suivant le cas, soit retirer entièrement le prépuce, soit simplement élargir son extrémité, tout en conservant le prépuce.

Un débat agite la communauté médicale depuis plusieurs décennies sur l'intérêt médical de la circoncision. Ceux qui soutiennent cette pratique, effectuée systématiquement dans certaines religions ou dans certains pays anglo-saxons, insistent sur ses effets bénéfiques en termes de prévention des infections urinaires, voire de certaines maladies sexuellement transmissibles. Ceux qui s'y opposent mettent en avant la perte de sensation du pénis et son impact négatif sur le plaisir sexuel.

Les nombreuses études en faveur ou en défaveur de la circoncision ne sont pas concluantes et la décision reste d'ordre personnel, sauf en cas de phimosis ou de paraphimosis invalidants.